Au fur et à mesure que les communautés noires de Chatham-Kent se développent, leurs membres continuent d'être victimes de discrimination sur les plans sociaux, économique, politiques et juridiques. Ce racisme occasionnel et institutionnalisé est le plus évident dans le système d'éducation des années 1800.
Les communautés noires de Chatham-Kent s'opposent activement à la ségrégation. Cependant, au milieu des années 1800, les politiciens blancs appuyaient fortement la ségrégation des écoles publiques. Edwin Larwill était un représentant politique qui a gagné son siège dans le comté du Kent sur une plateforme d'immigration et d'établissement anti-Noirs. À la fin des années 1840, alors que la colonie d'Elgin mettait en place la Buxton Mission School, Larwill a affirmé que "l'amalgame est aussi dégoûtant à l'œil qu'il est immoral dans ses tendances et que tous les hommes de bien le rejetteront".
De nombreux parents blancs approuvent la ségrégation raciale à Chatham-Kent. Les commissaires d'école manipulent les lois régissant les écoles publiques pour réaliser la ségrégation, même si le principe est illégal. La loi sur l'école de 1843 se lit en partie comme suit : " il ne sera pas licite [...] d'exclure d'une école commune [...] les enfants de toute classe ou description de personnes."
La School Act n'autorisait pas la ségrégation ; cependant, les interventions dans les cas de discrimination étaient rares. Malgré son illégalité, la ségrégation bénéficie d'un soutien informel et finit par être autorisée et exigée par la loi. En 1850, Egerton Ryerson, surintendant en chef de l'éducation pour le Haut-Canada, a révisé la School Act, encourageant les conseils scolaires à instituer une éducation séparée pour les enfants noirs. Dennis Hill, un Noir du canton de Camden, a tenté de contester la ségrégation. Ses enfants, ainsi que tous les autres enfants noirs du district, doivent fréquenter une école où règne la ségrégation raciale, près de Dresde, le British American Institute. En 1854, la Cour suprême du Haut-Canada entend l'affaire, mais décide que les élèves noirs doivent fréquenter les écoles ségrégés si elles sont établies "peu importe la qualité de l'école ou sa distance par rapport à la maison".
En revanche, les écoles créées par les communautés noires étaient exemptes de ségrégation. En 1850, la Buxton Mission School a ouvert ses portes à tous les enfants, quelle que soit leur race. L'association d'Elgin recrute d'excellents professeurs qui enseignent principalement des matières classiques. La qualité de l'enseignement rivalise avec celle des écoles ségrégées locales et bientôt les parents blancs des communautés voisines envoient leurs enfants à la Buxton Mission School. Le succès de la Buxton Mission School a conduit la communauté à créer deux autres écoles, dont la SS #13 Raleigh.
La dernière école de ségrégation raciale de l'Ontario, située dans le canton de Harrow, a été fermée en 1965 à la suite de pressions intenses exercées par la communauté noire environnante. La dernière école ségrégée au Canada était située en Nouvelle-Écosse et a fermé en 1983.